La Compagnie, pour se conformer aux nouvelles lois sociales (voir notre article du 10 février), doit embaucher 3 personnes supplémentaires (semaine de 40 heures) ce qui augmente considérablement les dépenses, sans compter la légère baisse de fréquentation en 1937 et les nombreuses réparations et interruptions de service en 1938, auxquelles on peut ajouter une grève du personnel suivie d’une augmentation des salaires de 12 %. En 1936 le déficit est de 3 800 francs, en 1938 il atteint 52 000 francs. Dès 1937, Joseph Billiotte se voit contraint de demander une aide exceptionnelle de la ville de 65 000 francs pour combler le déficit, qui lui sera accordée non sans difficultés.
En 1940, étant dans l’impossibilité de rembourser l’argent prêté par la ville dont la somme s’élève désormais à 95 000 francs, la Compagnie intente un procès contre la ville devant le Conseil de Préfecture (ex Tribunal Administratif) en paiement de cette somme pour charges extracontractuelles. Ce procès avec une municipalité qui, en période de guerre, avait sans doute mieux à faire, ne présageait rien de bon, c’est pourquoi en 1941 le Ministre des Travaux Publics de l’Etat français suggère un rapprochement entre la compagnie et la Ville. En effet, les solutions permettant de résoudre le litige sont peu nombreuses. Evidement la ville peut renoncer à l’argent prêté, mais ce serait remettre le problème à plus tard. La compagnie peut tout simplement être mise en faillite, mais elle rend de grands services à la population du plateau toujours plus nombreuse. Enfin la dernière solution consiste en le rachat par la Ville de la compagnie.
Si l’on se réfère à l’article 19 du cahier des charges, l’alinéa 1 dit ceci " La Ville de Besançon aura toujours le droit de racheter la compagnie ". Cette solution est donc tout naturellement proposée par la Commission des Transports, compte tenu " des services rendus aux Bregillots mais surtout du point de vue touristique ". Jean Minjoz, alors adjoint au Maire délégué aux transports, propose en 1941 le rachat des actions pour leur valeur nominale, ce qui portait la valeur de rachat à 195 500 francs.
Cette somme est jugée inacceptable par Billiotte qui ajoute à cette somme le remboursement du déficit d’exploitation, l’intérêt statutaire calculé à 5 % du capital action, plus les frais d’administration centrale, ce qui porte la somme de rachat à 445 500 francs. Après plusieurs tractations entre la ville et la compagnie, un terrain d’entente est trouvé et l’on se met d’accord sur un prix de rachat de 350 000 francs. Cette somme est approuvée par le Conseil Municipal dans sa séance du 22 octobre 1941, le rachat définitif sera entériné le 23 janvier 1942 bien qu’il n’ait pas encore été décidé de la nature de la future exploitation (régie ou non ?).
Peu de temps après suivront les accords des actionnaires lors d’une Assemblée Générale Extraordinaire, puis celui de la préfecture au mois d’octobre, la convention de rachat sera signée le 20 novembre 1942.
Après encore quelques hésitations concernant la nature de l’exploitation, le conseil municipal décide le 25 février 1943 de créer provisoirement une régie (au départ pour 3 ans mais qui, finalement, durera jusqu’à la fin). La ville deviendra définitivement propriétaire le 1er avril 1943. La Compagnie des Tramways Electriques au plateau de Beauregard-Bregille disparaît donc, 41 ans après sa fondation, laissant la place à la Régie du Funiculaire de Bregille.